1519年9月20日，麦哲伦率领五条船和270名水手的船队出发了。船队在大西洋中航行了70天，11月29日到达巴西海岸。由于这里是葡萄牙的领地，所以麦哲伦告诉船员们一定要小心，不要被葡萄牙人发现，因为根据1494年双方签定的《托尔德西里亚斯条约》规定谁也不得进入和占领对方分的领土。第二年1月10日，船队来到了一个无边无际的大海湾。船员们以为到了美洲的尽头，可以顺利进入新的大洋，但是经过实地调查，那只不过是一个河口，即现在乌拉圭的拉普拉塔河。
3月底，南美进入隆冬季节，于是麦哲伦率船队驶入圣胡安港准备过冬。由于天气寒冻，粮食短缺，船员情绪十分颓丧。船员内部发生叛乱，三个船长联合反对麦哲伦，不服从麦哲伦的指挥，责令麦哲伦去谈判。麦哲伦便派人假意去送一封同意谈判的信，并趁机刺杀了叛乱的船长官员。
不久，麦哲伦在圣胡安港发现了大量的海鸟、鱼类还有淡水，饮食问题终于得到解决。麦哲伦还发现附近还有当地的原住居民，这些人体格高大，身披兽皮；他们的鞋子也很特别，他们把湿润的兽皮套在脚上，上至膝盖。雨雪天 就在外面再套一双大皮靴。麦哲伦把他们称为“大脚人”，并以欺骗的方法逮捕了两个“大脚人”，并戴上脚镣手铐关在船舱里，作为献给西班牙国王的礼物。
阳春8月，麦哲伦率领船队继续出发。
