利玛窦1552年利玛窦出生于意大利马尔凯州（Marche）的马切拉塔（Macerata），家里经营利氏药房，是当地的名门。利玛窦在这里一直在一所耶稣会开办的中学学习，他的父亲一直很担心利玛窦加入耶稣会。
利玛窦十六岁来到罗马，在圣汤多雷亚学院学习预科，并于1571年的圣母升天节那天加入了耶稣会。1572年在耶稣会主办的罗马学院学习哲学和神学，并从师数学家克拉乌（Christopher Klau）学习天算，其时范礼安（Father Alessandro Valignani)也是他的老师。在这段时期，他还学会了拉丁文和希腊语，而且也会使用葡萄牙语和西班牙语。
